Die Arbeitsgruppen, die sich disziplinär (Fachdidaktik, Erziehungswissenschaft, berufspraktische Studien) oder zu spezifischen Themen (Stufen, Forschung) zusammensetzen, fördern den Fachaustausch und die Kooperation zwischen den verschiedenen Institutionen der Lehrerinnen- und Lehrerbildung. Sie bieten Gelegenheit zu vertiefender Diskussion, anregenden Vergleichen, zur Initiierung gemeinsamer Projekte und Publikationen sowie zur Bildung überregionaler Netzwerke. Alle Arbeitsgruppen organisieren sich selbständig, wobei die SGL finanzielle Mittel und organisatorische Unterstützung bietet. Weitere Arbeitsgruppen können gegründet werden (Rahmenvorgaben).
Zur Zeit existieren folgende Arbeitsgruppen: